Iniziata nel 1416, modificata ed ampliata nella prima metà del secolo XVI, appartenente alla comunità francescana, fu soppressa nel 1810 e solo nel 1914 fu restituita ai frati.
Il muro esterno della chiesa, in cotto, presenta una cornice ed archetti pensili e l’ampio porticato ad archi acuti è con tutta probabilità, sempre dello stesso periodo, come il bel portale in cotto sotto il portico a destra.
Nelle lunette sul muro, sotto il portico, sono a malapena visibili tracce d’affreschi dello Squarcione, artista padovano maestro del Mantenga, che vi aveva affrescato, con terra verde, i fatti della vita del Santo, anche in alcune parti del chiostro.
Al tempo dell’Algarotti gli affreschi erano ancora visibili ed egli racconta che i frati tennero un’assemblea per decidere di coprirli di calce.
L’interno è a tre navate, ampie, con volte a crociera, separate fra loro da colonne e pilastri alternati. Sopra la porta d’ingresso della navata di destra è posto il sarcofago con busto dello scrittore fiorentino Bartolomeo Cavalcanti, esule a Padova ove morì nel 1562.
All’interno, numerose sono le opere artistiche di rilievo, vi lavorarono tra gli altri: Bartolomeo Bellano e Andrea Briosco, discepoli di Donatello, Paolo Veronese, Pietro Damini, Alessandro Varotari, detto il Padovanino, e Domenico Campagnola fino ad arrivare ai tempi nostri con le molteplici opere dello scultore padovano Luigi Strazzabosco, attivo anche a Palazzo Zabarella.
